Acre.- Sus principales afluentes son: rió Acre, arroyo San Miguel, arroyo Henohaya, arroyo Piapi, Arroyo Bahía.
Abuna.- Sus principales afluentes son: rió Abuna, rió Rapirran, rió Manu, rió Kharamanu, arroyo Curichon.
Orthon.- Se le denomino así en honor a su descubridor, James Orthon. Nace de la conjunción de los ríos Tahuamanu y Manuripi, en Puerto Rico y se extiende hasta el rió Bajo Beni, en las inmediaciones de la población de Loma Alta, recorriendo 380 km. Su punto mas profundo es de 6,3 m en las cercanías de San Juan; su tramo mas estrecho es de 110 m, en Santa Elena y su anchura máxima registra 450 m, en las inmediaciones de Potrero Barracon. Sus principales afluentes son: rió Orthon, rió Tahuamanu, do Manuripi.
Madre de Dios.- Tiene su origen en la unión de una serie de ríos que proceden del Perú y dan origen al rió Manu. Penetra a Bolivia por Puerto Heath y tras recorrer 425 km, de sudoeste a noreste llega hasta Riberalta. Su profundidad máxima es de 18 m, en el punto denominado Palmira, en las cercanías del Puerto Heat; su mayor anchura alcanza 300 m, a la altura de la Boca del arroyo Lindero. Sus principales afluentes son: Río Madre de Dios, río Heath, río Asunta, río Toronomas, río Sena, río Genechiquia.
Beni.- Nace con el nombre de Choqueyapu, en Chacaltaya, en el departamento de La Paz. Su profundidad máxima es de 21,5 m y su mayor anchura registra 900 m en las cercanías de Rurrenabaque. Es Navegable desde Puerto Linares hasta Riberalta, a lo lago de su curso intercomunica las siguientes poblaciones: Angosto de Bala, Rurrenabaque, San Buenaventura, Cavinas, Fortaleza, Iv6n y Riberalta. Sus principales afluentes son: río Beni, arroyo Ivon, río Biata, río Madidi, río Negro, río Tuichi, arroyo Verde, río Emero.
Mamore.- Sus principales afluentes son: río Mamore, río Secure, río Grande o Guapay, río Ibare, río Yata, río Ichito, río Yacuma, río Apere, río Tijamuchi.
Itenez.- Sus principales afluentes son: río Itenez, río Itonomas, río Machupo, río Blanco, río Paragua, río Paucema.
Izozog.- Sus principales afluentes son: río Parapeti, quebrada El Paraíso, quebrada Surumvirey.